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El SII puede poner de manifiesto ciertas disfunciones en la aplicación del IVA por parte de las empresas, que es necesario conocer y corregir cuanto antes. 

Una vez puesto en funcionamiento el SII, es conveniente, necesario más bien, el estudio de sus aspectos críticos para asegurarse una correcta implantación, lo que incluye elementos tales como la calificación de las operaciones y su descripción, el análisis del devengo del impuesto, los plazos para el suministro de la información o la expedición de ciertas clases de facturas, en especial, las rectificativas.